古来から阿蘇山火口は信仰の対象となって「神霊池」と呼ばれていました。古代における阿蘇神社の発展は、火口の変動が大宰府を通じて都の朝廷に伝わったからであると言っても過言ではありません。
現在では、毎年6月初旬に火口に向かって御幣を投げ入れる「火口鎮祭」が行われています。
山上神社には神殿（本殿）はなく、火口の方向へ向かって遥拝するように拝殿のみが建てられています。現社殿は昭和32年に、旧内務省神社局技官であった角南隆の設計で、神社建築を鉄筋コンクリート造りで表現したものに改築されています。
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